• 1. Les voies respiratoires supérieures

Elles ont pour rôle d'assurer le réchauffement, l'humidification et la filtration de l'air respiré.
Elles constituent le premier rempart de défense de l'appareil respiratoire :
- Par l'arrêt mécanique des particules de grosse taille (5 à 10 micromètres de diamètre).
- Grâce au mucus, qui contient des substances bactéricides (Lysozyme, Interférons, Immunoglobulines).
En cas d'altération de ces voies respiratoires supérieures, les agents pathogènes pourront atteindre facilement et en grand nombre les poumons.

• 2. Trachée, bronches, bronchioles

Le tractus respiratoire dont le diamètre total décroît à chaque ramification permet un ralentissement progressif de la vitesse de l'air inspiré. Sa défense est assurée par la muqueuse tapissant ce tractus qui est un épithélium cilié recouvert de mucus. Les mouvements de ces cils font remonter vers le haut les particules et éléments pathogènes qui se déposent tout au long de ces ramifications. Ces particules sont piégées dans un mucus qui contient des substances à effet bactéricide :
lysozyme, immunoglobulines.
On parle d'escalator muco-ciliaire. De nombreux facteurs d'agression peuvent perturber ou détruire ce système de défense (gaz, refroidissement, agents infectieux tels que Mycoplasma hyopneumoniae, ...).

• 3. Le tissu pulmonaire

C'est la zone d'échange entre l'air inspiré et la circulation sanguine. Il est organisé en unités anatomiques : les lobules. Le porc présente la particularité d'une lobulation très développée, visible de l'extérieur. Il se caractérise également par une absence de ventilation collatérale. Les lobules ne possèdent aucune communication entre eux. La protection du tissu pulmonaire est assurée par :
- Des immunoglobulines,
- Des cellules du système immunitaire : Lymphocytes, Macrophages alvéolaires et Polynucléaires (en cas d'infection surtout).
Certains pathogènes (Grippe, SDRP, Mycoplasme) peuvent altérer ou détruire ces défenses et favoriser des surinfections bactériennes. De plus, lorsqu'un lobule est obstrué, la capacité respiratoire est diminuée plus que dans d'autres espèces. Les lobules obstrués évoluent vers l'atelectasie.